Zgodnie z par. 34 ust. 7 Statutu SNAP władze Stowarzyszenia mogą tworzyć i rozwiązywać w miarę potrzeby przy Zarządzie Głównym stałe lub doraźne komisje, powoływać ich przewodniczących oraz uchwalać regulamin ich działania.
Oprócz komisji stałych powoływane są komisje doraźne, m.in. do analizowania zgłoszonych nam nieprawidłowości w prowadzeniu badań archeologicznych. Poza komisjami działającymi przy Zarządzie Głównym, interweniują również Oddziały Stowarzyszenia.
Bulwar Filadelfijski w Toruniu – 2023 rok:
Płońsk, woj. mazowieckie, 2022 rok – Oddział w Warszawie
Ustowo, stan. 17, gm. Kołbaskowo, woj. zachodniopomorskie, 2018 rok – efektem pracy Komisji było zawiadomienie do prokuratury, na które nie było odpowiedzi.
Toruń, stan. 538 – 2009 rok
